在這個電子技術高度發達的世界裡，數碼寶貝作為GIGO推出的一款遊戲流行於孩子們當中。某一天，主角在登陸網絡和朋友們聊天的時候，突然收到了一封神秘的郵件，他和朋友們在嘗試輸入了許多不正確的密碼之後，偶爾想到了這個詞：RE…Degitize。他們一起同時輸入了這個密碼，而後被從電腦中湧出的奇怪電子霧包裹住，消失在了現實世界中。
當主角醒來的時候，發現身後出現了一直亞古獸。亞古獸說自己正是主角一直在玩的那款遊戲中所養的數碼寶貝，而且他們是數碼塔的「鬥技場」中第三對組合。至於為什麼主角會突然出現在這個本應不可能以肉體出現的世界中，亞古獸也不得而知，所以它建議主角和他一起去「はじまりの街」一起去尋找一下可以回到原本世界去的線索。
就在此時，突然有一頭加布獸衝了過來。至此我們進入第一場教學戰鬥。
玩家所需要的給數碼獸下達指令。
「まかせた」是全力進攻。
「アイテム」是給道具來支援。
「にげる」是逃跑。
「離れろ」是遠離敵人。
這些可以通過十字鍵來切換。
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