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序章 新宿
新宿，蒼白的街道。彷彿沒有生命的存在一般，主角NIER在這裡抱著頭，形同死屍，面對突然來襲的怪物，嘴裡邊吼著「別過來！！！」邊揮動著手中的棍子，卻也漸漸顯得力不從心。而此時支持他的，只是他那唯一的妹妹吧。「我去找找看有什麼吃的」，看著咳嗽不停的妹妹，NIER的心裡是說不出的苦澀，「聽好了，無論發生什麼事，都不要碰那本書」。地上，一本黑色的書顯得異常違和，而上面的圖案也比較令人生畏。NIER走了出去，怪物再次出現了，而他此時早已精疲力盡，最後還是倒在了地上...「給我力量...」或許是出於本能的關係吧，是的，為了生存，無可奈何。NIER還是借用了黑之書的力量。
之後，他如同打了雞血一般...越戰越勇，LV飆升到了30~~~再次回到了妹妹身邊...尤娜依然咳嗽不止，「哥哥，這是我剛剛找到的」，「餅乾，這不是尤娜最愛吃的麼」，「嗯，我想和哥哥一起吃」，「但是...那，我就吃小的那一塊吧」，「不行」尤娜硬是想遞給哥哥大的一塊，卻透支一般的倒下，而身上的黑色文字，也慢慢衍生到了頭頸，臉上....
1412年後
畫面一轉，1412年後...
NIER 的雞血被抽乾，回到了LV1，而時代風格也大相逕庭。唯獨沒變的，還是妹妹的病，依然咳嗽不止。NIER說要去打獵，來到教堂，找到POPOL，當被問到尤娜的病情時，NIER低下了頭，「別灰心，一定會有辦法的，你是一個出色的哥哥」，「嗯，希望如此」。之後，POPOL讓 NIER去北平原采肉和藥草。
雖然這個世界有被稱為的魔物的東西四處徘徊，但是我所在意的，僅僅是如何能和妹妹一起，生存下去。雖然我們兩人，還是孩子，生活自然比較艱辛，但是，我想，我已經找到了我們的立足之地，是的，就是這個村子，這裡的人都十分熱情善良。因此，我也必須努力去做我力所能及的事情。這，也是為了尤娜...。
